Ochrona lasu jest dziedziną gospodarki leśnej, która łączy w sobie wiedzę teoretyczną i praktyczną. Większość bezpośrednio wykonywanych czynności związanych z ochroną lasu uwarunkowana jest szczegółowymi instrukcjami stworzonymi w oparciu o znajomość praw biologicznych oraz praktyczne doświadczenia w pracy terenowej. Prowadzone są liczne obserwacje stanu lasu, które pozwalają na prawidłowe prognozowanie zagrożeń oraz organizację akcji mających charakter ochronnych. Działania takie mają na celu również szybkie reagowanie na zauważone w terenie zdarzenia klęskowe. Zagrożenia, których zwalczaniem zajmuje się ochrona lasu można podzielić na trzy grupy:
•    biotyczne (np. szkodliwe owady, grzyby patogeniczne, ssaki roślinożerne);
•    abiotyczne – ekstremalne zjawiska atmosferyczne (np. silne wiatry, śnieg, ulewne deszcze, wysokie i niskie temperatury);
•    antropogeniczne – wywołane przez człowieka (np. pożary, zanieczyszczenia przemysłowe, zaśmiecanie lasu).

Przeczytaj więcej o ochronie lasu

Zagrożenia biotyczne

Od kilkunastu lat w północnej części Nadleśnictwa obserwowany jest wzrost populacji oraz nasilenia szkód wyrządzanych przez chrabąszcze. Sprawcami szkód są przede wszystkim larwy chrabąszczy, czyli tzw. „pędraki", które żerują w glebie na korzeniach drzew, krzewów i roślinności runa. Przy dużym zagęszczeniu w glebie żery ich doprowadzają nie tylko do zupełnego zniszczenia upraw leśnych ale także do całkowitej likwidacji roślinności na powierzchniach poszczególnych upraw. Dodatkowo w okresie godowym, czyli w czasie tzw. „rójki", którą chrabąszcze odbywają zwykle co cztery lata, znaczne szkody wyrządzają również imago chrabąszczy.
W 2013 roku Nadleśnictwo podjęło walkę ze szkodnikiem w związku z zagrożeniem  trwałości lasu. Opryskano przy użyciu samolotu preparatem Mospilan 20 SP ponad 4200 ha drzewostanów. Skuteczność zabiegu była bliska 100 %.
Północno-zachodnia część Nadleśnictwa Kozienice, to również drzewostany na gruntach porolnych, które zagrożone są przez opieńkę i hubę korzeniową. W celu ograniczenia rozprzestrzeniania się tych patogenów stosowane są metody biologiczne polegające na zabezpieczaniu pniaków preparatem PG IBL – Phlebia gigantea.

W ochronie lasu przed owadami na terenie Nadleśnictwa Kozienice istotne znaczenie ma ochrona upraw drzew iglastych (sosna) przed ryjkowcami, a szczególnie szeliniakiem sosnowcem. Stosujemy różne metody: mechaniczne, np. okopanie uprawy rowkiem izolacyjnym, wykopanie na takiej uprawie dołków chwytnych, do których dodatkowo wkładane są środki wabiące, a zwabione tam szkodniki są niszczone, oraz chemicznie – uprawę trzeba opryskać roztworem insektycydu.
W uprawach i młodnikach iglastych pewne zagrożenie stwarza smolik znaczony. Ograniczenie jego liczebności polega na usuwaniu i niszczeniu zasiedlonych drzewek lub wykładaniu tyczek pozyskanych w młodnikach sosnowych z żywych drzewek wabiących smoliki.

Ważnym zagadnieniem jest również ochrona przed szkodnikami pierwotnymi (liściożernymi), takimi jak brudnica mniszka, strzygonia choinówka, poproch cetyniak, boreczniki. W tym celu prowadzone są różne prace prognostyczne, np. liczenie samic brudnicy mniszki podczas przejścia przez zagrożone drzewostany w czasie kulminacji rójki, jesienne poszukiwania zimujących stadiów szkodników sosny czy świerka.

Starsze drzewostany iglaste narażone są na szkody od szkodników wtórnych (uszkadzających drewno) takich jak cetyńce, korniki i przypłaszczek granatek. Ochrona przed tymi szkodnikami polega głównie na: wyznaczaniu, terminowym usuwaniu i wywożeniu z lasu drzew zasiedlonych, utylizacji resztek poeksploatacyjnych (gałęzi, kory) powstałych podczas pozyskiwania drzew zasiedlonych, terminowym wywozie pozyskanego drewna z lasu, a w razie jego pozostawania w lesie w okresie wiosennym i letnim – korowaniem i wykładaniem pułapek wabiących.

Bardzo ważnymi sprzymierzeńcami leśnika w walce z nadmiernym rozmnożeniem się szkodliwych owadów są ptaki. Aby poprawić ich warunki bytowania, wywieszamy w lasach i corocznie czyścimy budki lęgowe. Zimą, gdy panują trudne warunki, dokarmiamy również ptaki na masową skalę.

Istotnym czynnikiem szkodotwórczym była i pozostaje nadal zwierzyna, powodująca swymi żerami zagrożenie dla upraw. Bardzo dobre rezultaty przynoszą w tym względzie grodzenia, które od niedawna obejmują praktycznie wszystkie nowo zakładane uprawy dębowe. Zimą podczas wykonywania pielęgnacji młodników i pozyskania drewna pozostawia się zwierzynie ścięte drzewa głównie gatunków liściastych, co również ogranicza szkody.

Zagrożenie abiotyczne

Do najważniejszych czynników abiotycznych oddziałujących na drzewostany Nadleśnictwa Kozienice należą okiść, przymrozki późne oraz niskie i wysokie temperatury. Zagrożenia te potęgowane są przez pojawiające się w ostatnim czasie zakłócenia stosunków wodnych występujące w drzewostanach powstałych po zmeliorowaniu w latach 60-tych i 70-tych terenów zabagnionych, powodujące niekiedy zamieranie całych drzewostanów.

Zagrożenie antropogeniczne

Lasy Nadleśnictwa Kozienice charakteryzują się najwyższym, I stopniem zagrożenia pożarowego. Największe natężenie występowania pożarów występuje wczesną wiosną, z powodu wypalania traw, oraz latem, ze względu na wysokie temperatury powietrza i niską wilgotność ściółki. Dopiero jesienią zagrożenie pożarowe znacznie się zmniejsza.  Straty powstałe w wyniku pożarów często są niewymierne. W płomieniach giną liczne gatunki fauny i flory łąkowej i leśnej, następuje zubożenie przyrody.

Bardzo ważnym czynnikiem kształtującym zagrożenie pożarowe w poszczególnych porach roku są warunki meteorologiczne, takie jak: opady atmosferyczne, prędkość i kierunek wiatru, natężenie promieniowania słonecznego, temperatury powietrza i wilgotności powietrza. W sezonie palności codziennie określany jest stopień zagrożenia pożarowego, podawany na godz. 9.00  i 13.00. Przy wystąpieniu III (najwyższego) stopnia zagrożenia pożarowego i utrzymującej się przez co najmniej pięć kolejnych dni wilgotności ścioły leśnej mierzonej o godz. 9.00  poniżej 10 proc. nadleśnictwo obligatoryjnie wprowadza zakaz wstępu do lasu.

Przez tereny leśne nadleśnictwa przebiegają szlaki komunikacyjne – drogi krajowe i wojewódzkie oraz linia kolejowa, co przyczynia się do zwiększenia zagrożenia pożarowego. Problemem jest także bliskie sąsiedztwo wsi oraz łąk i pastwisk, z których część jest wiosną wypalana przez miejscową ludność.

Największe zagrożenie pożarowe na terenach leśnych spowodowane jest jednak nieprzestrzeganiem przepisów przeciwpożarowych przez ludzi przebywających w lesie. Przypominamy, że w lasach i 100 metrów od nich nie można używać otwartego ognia.

Nadleśnictwo Kozienice posiada system ochrony przeciwpożarowej złożony z punktu alarmowo-dyspozycyjnego przy biurze nadleśnictwa oraz systemu telewizji przemysłowej. W okresie wysokiego zagrożenia pożarowego organizowane są także patrole samochodowe. Nadleśnictwo wyposażone jest też w sprzęt do gaszenia pożarów. Na terenie nadleśnictwa zlokalizowana jest sieć punktów czerpania wody oraz dojazdów pożarowych w celu zaopatrzenia wodnego samochodów gaśniczych. Posiadamy też dobrze zorganizowaną łączność bezprzewodową w celu szybkiego reagowania w przypadku wystąpienia pożaru.