Na gruntach Skarbu Państwa będących w zarządzie Nadleśnictwa Kozienice znajduje się 9 rezerwatów przyrody. Obejmują one najcenniejsze, najlepiej zachowane fragmenty lasów i ekosystemów nieleśnych Puszczy Kozienickiej. Utrzymanie ochrony rezerwatowej na tych powierzchniach pozwala na obserwację spontanicznych procesów zachodzących w zbiorowiskach roślinnych. Łączna powierzchnia rezerwatów przyrody w Nadleśnictwie Kozienice wynosi 525,48 ha, co stanowi 3,48% wszystkich jego gruntów.

Wszystkie rezerwaty objęte są ochroną czynną i posiadają obowiązujące plany ochrony, a przewidziane w nich działania zostały zawarte w Planie Urządzenia Lasu dla Nadleśnictwa Kozienice na lata 2021-2030.

Rezerwat "Ponty" im. Teodora Zielińskiego – o powierzchni 36,61 ha, jeden z najstarszych rezerwatów Puszczy Kozienickiej, utworzony na mocy Zarządzenia Ministra Leśnictwa i Przemysłu Drzewnego nr 33, poz. 126 z dn. 21.10.1978 r. (M. P. z 1978 r., Nr 33, poz. 126). Obecnie obowiązującą podstawą prawną istnienia tego rezerwatu jest Zarządzenie Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w Warszawie z dnia 10 kwietnia 2017 r. (Dz. Urz. Woj. Maz. z 2017 r. poz. 3974). Celem ochrony na tym obszarze jest zachowanie drzewostanów jodłowo-dębowych o charakterze naturalnym, z jodłą na północnej granicy jej zasięgu. Obszar rezerwatu pokrywają żyzne gleby, tworzące siedlisko Lśw, które w większości

zajęte jest przez siedlisko przyrodnicze grądu subkontynentalnego. Jednocześnie drzewostany tu występujące buduje różnowiekowa jodła oraz występujące w rozproszeniu około dwustuletnie dęby, których żywotność z powodu zaawansowanego wieku spada. Zachodzi tu bujny rozwój nalotu i podrostu jodły oraz dęba, zamieranie starszych egzemplarzy jodły.

Rezerwat "Ponty-Dęby' – o powierzchni 50,40 ha, utworzony na mocy Rozporządzenia Ministra Ochrony Środowiska, Zasobów Naturalnych i Leśnictwa  (Dz. U. z 1998 r., Nr 166, poz. 1231). Jego obecnie obowiązującą podstawą jest Zarządzenie Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w Warszawie z dnia 5 maja 2017 r. (Dz. Urz. Woj. Maz. z 2017 r. poz. 4449). Celem ochrony jest zachowanie ze względów naukowych i dydaktycznych różnowiekowych drzewostanów mieszanych o cechach naturalnych. Zachodzi tu intensywny rozwój podrostu jodły i dęba. We wschodnim krańcu rezerwatu wykształciło się siedlisko przyrodnicze Natura 2000 - ciepłolubna dąbrowa.

Rezerwat "Pionki" – o powierzchni 81,90 ha utworzony na mocy Zarządzenia Ministra Leśnictwa i Przemysłu Drzewnego z dnia 26 marca 1982 r. (M. P. z 1982 r., Nr 10, poz. 74). Obecnie obowiązującą podstawą prawną istnienia tego rezerwatu jest Zarządzenie Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w Warszawie z dnia 10 kwietnia 2017 r. (Dz. Urz. Woj. Maz. z 2017 r. poz. 3971). Celem ochrony jest zachowanie fragmentu Puszczy Kozienickiej z naturalnym wielogatunkowym drzewostanem sosnowo-jodłowo-dębowym z licznymi drzewami pomnikowymi. Zachodzi tu rozwój podrostu jodłowo-dębowego z domieszką buka, sosny, jaworu, zamieranie starszych egzemplarzy jodły. Rezerwat Pionki niemal w całości pokrywają siedliska LMśw i Lśw.

Rezerwat "Załamanek" – o powierzchni 77,96 ha utworzony na mocy Zarządzenia Ministra Leśnictwa i Przemysłu Drzewnego  z dnia 26 marca 1982 r. (M. P. z 1982 r., Nr 10, poz. 74). Obecnie obowiązującą podstawą prawną istnienia tego rezerwatu jest Zarządzenie Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w Warszawie z dnia 14 maja 2015 r. (Dz. Urz. Woj. Maz. z 2015 r. poz. 4673).  Celem ochrony jest zachowanie rzadkich na terenie Puszczy Kozienickiej naturalnych zbiorowisk łegowych i wilgotnych jedlin. Rezerwat Załamanek to przede wszystkim mozaika grądów, łęgów i olsów, a we wschodniej części także borów mieszanych. W ślad za warunkami siedliskowymi idzie skład tutejszych drzewostanów –największe powierzchnie zajmuje olsza, która stanowi podstawowy składnik tutejszych grądów, a w olsach i łęgach tworzy w zasadzie monokultury. W grądach poza olszą występują również graby, dęby, jodły, świerki, brzozy, osiki i sosny. Sosna, jodła i świerk posiadają znaczny udział w składzie drzewostanów zwłaszcza we wschodniej części rezerwatu. Olsza z sosną stanowią w zasadzie najstarsze składniki drzewostanów rezerwatu.

Rezerwat "Leniwa" o powierzchni 24,07 ha utworzony na mocy Rozporządzenia nr 105 Wojewody Mazowieckiego z dnia 26 czerwca 2000 r. (Dz. Urz. Woj. Maz. z 2000 r. poz. 747). Obecnie obowiązującą podstawą prawną istnienia tego rezerwatu jest Zarządzenie Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w Warszawie z dnia 10 kwietnia 2017 r. (Dz. Urz. Woj. Maz. z 2017 r. poz. 3968). Celem ochrony w tym rezerwacie jest zachowanie fragmentu doliny meandrującej rzeki Leniwej wraz z charakterystycznym układem siedlisk łęgów, olsów i borów. Większość rezerwatu zajmuje ols, który tylko w pobliżu rzeki przechodzi w łęg jesionowo-olszowy, stanowiący siedlisko przyrodnicze 91E0. Drzewostany buduje w większości olsza, niekiedy z domieszką sosny, brzozy i świerka.

Rezerwat "Zagożdżon" – o powierzchni 65,99 ha jest najstarszym rezerwatem w całej Puszczy Kozienickiej. Powstał na mocy Zarządzenia Ministra Leśnictwa i Przemysłu Drzewnego z dnia 31 stycznia 1962 r. (M. P. z 1962 r., Nr 30, poz. 138). Obecnie obowiązującą podstawą prawną jego istnienia jest Zarządzenie Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w Warszawie z dnia 10 kwietnia 2017 r. (Dz. Urz. Woj. Maz. z 2017 r. poz. 3975). Celem ochrony jest zachowanie ze względów naukowych, dydaktycznych i turystycznych fragmentu lasu mieszanego z udziałem jodły, charakterystycznego dla dawnej Puszczy Kozienickiej. Powierzchnia rezerwatu zdominowana jest przez siedlisko przyrodnicze grądu subkontynentalnego, które ustępuje miejsca wyżynnemu jodłowemu borowi mieszanemu tylko w północnej i wschodniej jego części. Do najistotniejszych gatunków lasotwórczych w rezerwacie należy grab, jodła, dąb, jawor i sosna, zaś w domieszce spotkać tu można niemal wszystkie pozostałe ważniejsze gatunki drzew. Najstarsze okazy dębów i sosen osiągają wiek około 200 lat. W rezerwacie znajduje się dąb zwany na cześć króla Polski Zygmuntem Augustem, uznawany za najokazalszy egzemplarz tego gatunku w całej Puszczy Kozienickiej.

Rezerwat "Brzeźniczka" – rezerwat ten tylko częściowo znajduje się na gruntach Nadleśnictwa Kozienice, gdzie zajmuje 91,79 ha, co stanowi 74% jego całkowitej powierzchni. Utworzony został Zarządzeniem Ministra Leśnictwa i Przemysłu Drzewnego z dnia 11 sierpnia 1980 r. (M. P. z 1980 r., Nr 19, poz. 94). Obecnie obowiązującą podstawą prawną istnienia rezerwatu jest Zarządzenie Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w Warszawie z dnia 10 kwietnia 2017 r. (Dz. Urz. Woj. Maz. z 2017 r. poz. 3951). Celem ochrony jest zachowanie kompleksu wielogatunkowych, naturalnych zespołów leśnych charakterystycznych dla Puszczy Kozienickiej. Na terenie Nadleśnictwa Kozienice rezerwat Brzeźniczka w większości pokrywa LMśw, który ustępuje miejsca siedlisku OlJ tylko w dolinach Brzeźniczki i Zagożdżonki. Tutejsze drzewostany to głównie starodrzewy dębowo-sosnowe, przeważnie z drugim piętrem, a niekiedy także podsadzeniami jodły. Zachodzi w nich stopniowa, naturalna przebudowa w kierunku grądu, co przejawia się m. in. ekspansją graba. Dolina rzeczki Brzeźniczki w granicach rezerwatu jest obecnie miejscem występowania bobrów, co przejawia się jej podtopieniem i intensywnym zamieraniem drzewostanów.

Rezerwat "Źródło Królewskie" – tak jak w przypadku rezerwatu „Brzeźniczka”, tylko częściowo znajduje się on na gruntach Nadleśnictwa Kozienice, na których zajmuje 9,69 ha, co stanowi 33% jego całkowitej powierzchni. Utworzony został Rozporządzeniem Nr 103 Wojewody Mazowieckiego z dnia 26 czerwca 2000 r. (Dz. Urz. Woj. Maz. z 2000 r. poz. 745). Obecnie obowiązującą podstawą prawną istnienia rezerwatu jest Zarządzenie Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w Warszawie z dnia 10 kwietnia 2017 r. (Dz. Urz. Woj. Maz. z 2017 r. poz. 3977). Celem ochrony jest zachowanie rzadkich na terenie Puszczy Kozienickiej grądów wysokich ze starodrzewem dębowym i łęgów olszowo-jesionowych z bagnami nad rzeką Zagożdżonką. Duże urozmaicenie biotopów sprawia, że rezerwat jest dogodnym miejscem żerowania dla wielu gatunków nietoperzy. Na terenie rezerwatu występują źródła zasilające rzekę Zagożdżonkę, z których wedle tradycji korzystał król Władysław Jagiełło, i od których pochodzi nazwa rezerwatu. Przez teren rezerwatu przebiega ciesząca się dużą popularnością leśna ścieżka dydaktyczna.

Rezerwat "Guść" – o powierzchni 87,07 ha jest najmłodszym rezerwatem Puszczy Kozienickiej. Utworzony został Rozporządzeniem Nr 79 Wojewody Mazowieckiego z dnia 11 września 2002 r. (Dz. Urz. Woj. Maz. z 2002 r. poz. 6182). Obecnie obowiązującą podstawą prawną istnienia tego rezerwatu jest Zarządzenie Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w Warszawie z dnia 10 kwietnia 2017 r. (Dz. Urz. Woj. Maz. z 2017 r. poz. 3955). Celem ochrony rezerwatu jest zachowanie mozaiki siedlisk leśnych, porastających zróżnicowany pod względem geologicznym i geomorfologicznym taras nadzalewowy Wisły. Największą powierzchnię zajmuje tu ols jesionowy, który wraz ze wspomnianym łęgiem jesionowo-olszowym, będącym siedliskiem przyrodniczym 91E0, stanowi najcenniejszą część rezerwatu. Siedliska te zlokalizowane są w lokalnym obniżeniu terenu wypełnionym piaskami rzecznymi, na których miejscami zalegają torfy niskie. Panują tu drzewostany olszowe w różnym, niekiedy zaawansowanym wieku. Otaczają je wydmy zbudowane z piasków eolicznych, porośnięte, w większości ponad 100-letnim, drzewostanem sosnowym z domieszką dębu i brzozy.